Jeżeli w programie Comarch ERP XT są zapisane dokumenty, które nie mają uzupełnionych wszystkich wymaganych pól do pliku JPK_VAT lub JPK_PKPiR, w chwili generowania pliku pojawia się komunikat, w którym uwzględnione są dokumenty z niepełnymi danymi. W logu widnieje jakie dokumenty w danym okresie wymagają poprawy danych.
W przypadku pliku JPK_VAT, braki w nazwie, adresie kontrahenta lub NIP-ie, są uzupełniane słowem BRAK. W komunikacie również pojawia się stosowna informacja, która pozwala na weryfikację.